אילו היה המבנה החדש של מרכז פרס לשלום, שנחנך זה לא מכבר על חוף ימה של יפו, ביתן בתערוכה בינלאומית - ניתן היה ליהנות מאיכויותיו האדריכליות בלב קל. אפשר היה להתרשם מן הניגוד בין שלושת החזיתות המונוליתיות של התיבה לבין חזית הזכוכית המערבית הפתוחה אל הים; ניתן היה להתלהב מן הטקסטורה של פסי בטון ירקרקים ופסי זכוכית, המשלבת אטימות ושקיפות; היה אפשר להעריך את המאמץ ההנדסי העצום שהושקע בהקמתו. אלא שממבנה המיועד להיות מרכז - ואפילו 'בית' - לשלום נדרש הרבה יותר מארכיטקטורה מרשימה.
בימים בהם השלום בינינו לבין שכנינו לארץ הזו הופך להיות פנטזיה ההולכת ומתרחקת, למבנה של 'מרכז פרס לשלום' יש משמעויות סמליות, שלא ניתן להקל בהן ראש. לצידן, יש מן המבנה גם דרישות תפקודיות שהן הרבה מעבר למתן מענה לפרוגרמה נתונה: דרישות הנגזרות מהיותו מרכז של דו-קיום הניצב בלב עג'מי - שכונה ערבית המשנה את פניה.

המבנה של מרכז פרס לשלום תוכנן ע"י האדריכל האיטלקי מסימליאנו פוקסס עוד לפני שהיה למבנה אתר ידוע. הסקיצה שיצר - על מפת שולחן במסעדה, כדרכם של ארכיטקטים דגולים - ליוותה את אנשי 'מרכז פרס' ואת האדריכל הישראלי שלהם, יואב מסר, לאתרים שונים ומגוונים כטול-כרם והכפר הירוק, לפני שנחתה בחוף ימה של שכונת עג'מי ביפו, באזור גבעת עלייה - לשעבר ג'בליה - היכן ששכן בית החולים הממשלתי דונולו.
מיקומו של המרכז מדהים: על גבעה היורדת אל הים והצופה אל האופק הפתוח. מצפון וממזרח נמצאת שכונת עג'מי ובה שוכנים זה לצד זה הבתים המוזנחים של התושבים הערבים והוילות הנוצצות של יהודים אמידים, שהחלו להתגורר בשכונה בשנים האחרונות. מדרום נמצא בית הקברות המוסלמי שמסמן, בין השאר, את הגבול בין תל-אביב - יפו שוקקת החיים והקונפליקטים לבין בת-ים הפלבאית. בנקודה זו התמקמה הסקיצה של פוקסס וקרמה עור וגידים.

הרעיון המניע של הפרויקט הוא פשוט ורב עצמה: תיבה מלבנית שחזיתותיה לכל הכיוונים משדרות אטימות, זולת לכיוון הים במערב, אליו פונה חזית זכוכית פתוחה. לשאר הכיוונים - אם לרחוב קדם ממזרח, לכיכר החדשה שנוצרה מעל מגרש החניה שמצפון או לקיר התומך שמדרום - מפנה הבניין חרכים אופקיים, אלגנטיים ומאורכים שלא ניתן לחדור דרכם.
החזית עשויה פסים-פסים כבמעשה אריגה. כל פס הוא קורת בטון בפיגמנט ירקרק. פסי הבטון מרחפים זה מעל זה, כשביניהם נמתחים פסים של זכוכית. הפסים ורצועות הזכוכית הן בעובי משתנה, כדי להעניק לחזית חיות וזרימה.
ביצירת החזית הושקע מאמץ הנדסי עצום : שמונה-מאות פסי הבטון הפיגמנטי - מ 109 טיפוסים שונים - נוצקו במפעל שנבנה באתר והורכבו כשביניהם טבעות בטון והם מוחזקים בפיני פלדה. מלאכת התיאום, ההרכבה והשילוב של הקורות עם אלמנטי הזכוכית והגמר הפנימי היו מפרכים ויקרים
כלפי חוץ יוצרים פסי הבטון והזכוכית חזית מונוליטית, בין השאר בשל ההחלטה להציב את הזכוכיות בקצה החיצוני של פס הבטון, כך שלפסים כמעט ואין איכות תלת-ממדית. כלפי פנים, לעומת זו, מובלטים העומק והצורה של הפסים ונוצרים מעין מדפי בטון ענקיים בעלי קו מתאר מחודד ומשתנה. אלה מעניקים לחללים הפנימיים תחושה של מודל טופוגרפי מרשים.

הכניסה לבניין בן ארבע הקומות והמרתף, מתרחשת דרך החזית המערבית המזוגגת. הלובי והאודיטוריום, שניהם מתנשאים לגובה של שתי קומות, פונים מערבה. לובי הכניסה צופה, כאמור, אל הים. אל עבר הים צופה גם האודיטוריום שבקומה השנייה: מאחורי בימתו נפתח קיר-מסך ענק ממנו נשקף הנוף הימי הנפלא היוצר מחזה מרהיב לקהל. המשרדים שמעל האודיטוריום ולצידו מחוייצים בקירות הזכוכית, שאמנם לא מאפשרים פרטיות אך מעניקים מבט אל הים מכל פינה ופינה. המשרדים בקומה האחרונה נפתחים אל מרפסת הפונה, כמובן, מערבה. בקומת המרתף מצויות פונקציות נוספות של המרכז: מוזיאון וארכיון.
אולם חללים אלו, אינם מגלים את סודו של המבנה. סוד זה מוכמן בצמוד לדופן המזרחית. מאחורי החזית המזרחית האטומה-מפוספסת שוכן חלל בגובה ארבע קומות - כגובה המבנה – ומעליו תקרה מזוגגת. בלשון אחרת: גובהו  של החלל הוא לכאורה ארבע קומות אך למעשה הוא פתוח לשמיים. חלל מרשים זה, המאפשר לפסי המעטפת להופיע במלוא זוהרם, מתוכנן לאכלס בעתיד את ספרייתו של שמעון פרס, נשיא המדינה והרוח החיה מאחורי המרכז.

ממקום בשכונה ערבית אך אטום לה, פתוח לכחול האינסופי של הים והשמיים, מרהיב בקירותיו המפוספסים – זהו מרכז פרס לשלום. מבנה שאמור להיות סמל. סמל למה? מה מסמלים השמיים ומה מסמל הים – שני הנופים היחידים אליהם נפתח המרכז?
הן הים והן השמיים מסמלים תקווה. אופק של יום חדש ושל מזרח תיכון חדש. תקווה, שבכל הנוגע למבנה, כלואה בתוך עצמה, נהנית מיופיה היא, ממש כמו שיוסף, בעליה של כותנת הפסים, נהנה מיופיו ומחכמתו. יופי שאין לו קשר לפרקטיקות המייגעות של יהודים וערבים בשכנות של מפגשים אנושיים סבוכים ונוטפי זיעה.
אבל לא הכל אבוד: למרות שהבניין האטום מגביל את הנוף רק לאורחים המוזמנים של המרכז, התעקשו האדריכלים שהכיכר שנוצרה מצפון המבנה תהיה פתוחה וללא גדרות. וכך ניתנת הזדמנות לציבור הרחב להתכנס וליהנות מן הרוח הנושבת מהים ומן השמיים הפתוחים ... ובתנאי שלא יחלוף בהם באותו הרגע איזה מסוק צבאי.

אדריכל – מסימליאנו פוקסס – איטליה / אדריכל מקומי- יואב מסר- תל אביב / אדריכל אחראי – יפתח חיינר / מהנדס שלד – רוקח אשכנזי / פיתוח – ת.מ.א. / אדריכלית משרד פוקסס- מיכל שפר / ניהול – א. אפשטיין ובניו / קבלן – "קל בניין", "רום גבס" / מזמין – מרכז פרס לשלום / שטח המבנה - בניין ראשי: 3000 מ"ר, חניון תת-קרקעי: 3000 מ"ר / תחילת תיכנון: סוף 1999 / בנייה 11.2004 - 10.2008 / איכלוס סוף 2009